Tiedetorin ohjelmasta vastaa monipuolinen tiedetoimijoiden joukko. Mukana on tieto- ja tiedekirjojen sekä tieteellisten lehtien kustantajia, yliopistoja sekä muita tiedetoimijoita. Työryhmä käsittelee kaikki Helsingin Kirjamessujen saamat tiedeaiheiset ohjelmaehdotukset, joten Tiedetorilla kuullaan myös yleiskustantamojen uusista tietokirjoista. Tiedetorin ohjelmaa ja toteutusta koordinoi Tieteellisten seurain valtuuskunta.